Os companheiros de equipe Ninja Naruto Uzumaki e Sakura Haruno se reencontram após dois anos e meio de treinamento com o objetivo de resgatar seu amigo Sasuke Uchiha, que desertou de sua aldeia para caçar seu irmão.
Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 2 é um jogo baseado no Naruto: Shippudenanime, incluindo nove capítulos que cobrem a história do primeiro episódio ao 175º. A história progride através de uma série de batalhas um-a-um ou em equipe. As batalhas são travadas entre ninjas que carregam chakra para realizar jutsu de ataque. Os itens podem ser usados na batalha configurando-os previamente em um dos botões direcionais. Personagens de suporte podem ser chamados para realizar jutsu, caindo em três categorias: Defesa, Ataque e Equilibrado.