O protagonista é Jason Brody, um audacioso que está de férias no Pacífico com seus dois irmãos e alguns amigos. Quando eles fazem uma viagem de paraquedismo, eles pousam em uma ilha controlada por piratas. Eles são todos feitos prisioneiros pelo comandante pirata Vaas e seu irmão mais velho, Grant, é morto quando eles tentam escapar. Vaas sarcasticamente dá a Jason uma oportunidade de 30 segundos para escapar antes que ele o caça. Contra todas as probabilidades, Jason consegue pular na água. Ele é resgatado por Dennis Rogers, que o apresenta aos Rakyat, a tribo nativa que espera livrar a ilha dos piratas. Durante a busca pelos sobreviventes, Jason será iniciado no misticismo da tribo, descobrirá o ambiente e caçará Vaas.