No ano de 2012, um barman aparentemente comum chamado Desmond Miles é sequestrado por uma organização misteriosa. Os captores anexam Desmond a um dispositivo estranho chamado “Animus”, que permite acessar a memória de seu ancestral, um assassino chamado Altaïr. Por alguma razão, a reconstrução das memórias de Altaïr é vital para os captores.
Depois de acessar a memória de Altaïr, Desmond é capaz de experimentar os eventos que ocorreram na Terra Santa no ano de 1191, época da Terceira Cruzada. Al Mualim, o líder dos assassinos, ordena que Altaïr mate nove figuras históricas importantes, que supostamente deixaram a guerra e a corrupção tomarem conta da Terra Santa.
Durante a maior parte do jogo, o jogador controla Altaïr; no entanto, é claramente indicado que controlá-lo faz parte da experiência de Desmond. O jogador também é capaz de controlar Desmond entre suas sessões no “Animus”.
O recurso mais inovador do jogo é a liberdade de escolha e movimento. Todos os detalhes arquitetônicos, como bordas das janelas, esculturas nas barras de pedra ou madeira, podem ser usados para se mover nas paredes. Isso permite que o jogador tenha intensas cenas de perseguição, se por acaso você for caçado pelo guarda.
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